沖縄や奄美へ行く九州・四国・本州からのフェリーは、現在すべて鹿児島港からのみになっています。鹿児島から奄美・沖縄のフェリー航路は、途中の寄港していく島のルートが違う3種類があり、どの島に行きたいかによって使い分けができます。生活密着型の離島航路ですので、天気が荒れたときの欠航率は本土の長距離フェリーより高く、航路によっては運航日が限られていますので、事前によく調べて乗船する必要があります。

東京・横浜から伊豆大島・利島・新島・式根島・神津島への航路です。ほぼ毎日1便の大型客船(ほぼ「さるびあ丸」)と高速船のジェット船(ジェットフォイル)が、就航しています。大型客船は運航されない日もあります。ジェット船は利島以南は一部の便に限られます。本航路はカーフェリーではないため、乗用車を積むことはできません。本土の長距離フェリーより欠航率が高かったり、出帆港が変わったり臨時ダイヤになったりと慣れないと多少不便なところはありますが、自然を感じ生活に密着した航路の魅力は、なにものにも代え難いものです。なんといっても他にはない美しい景色もあります。

東京から三宅島・御蔵島・八丈島への航路は、1日1便の大型客船が就航しています。ジェット船(高速船)の運航はありませんので、伊豆大島航路のように休航日の設定はなく毎日1便です。そのため基本的には「橘丸」が就航しますが、メンテナンスや定期ドックの期間など「さるびあ丸」が代わりに就航します。東京から各島への南下便は夜行、北上便は日中の運航です。太平洋の大海原にある島のため、伊豆大島航路より欠航率は高く、特に冬季の御蔵島の欠航率は高くなります。

小笠原諸島には空港がなく、東京からの「おがさわら丸」が唯一のアクセス手段になります。まわりに陸地がない太平洋の大海原を24時間かけて1000km進む、世界自然遺産に登録されている小笠原への旅にふさわしい大自然を感じられる航路です。大海原を進みますが、意外なことに欠航率は低く、年に数回程度です。